Протягом 16-17 ст. за розпорядженням дружини Зигмунта І італійської королеви Бони Сфорци, якій він подарував Кременець, було споруджено для оо. францисканців спочатку дерев’яний монастирський комплекс (1538), а пізніше - муровані монастир та костел у готико-ренесансному стилі з елементами української архітектури 16 ст. У 17 ст. добудувала дзвіницю у стилі пізнього бароко.

1832 р. (після польського повстання 1830-1831 рр.) царська влада передала храм православним, які його реконструювали та переосвятили на Миколаївський собор. Сьогодні він належить громаді УПЦ Московського патріархату.