Самбір виник 1241 р. на місці давньоруського поселення Погонич, в яке пересилились уцілілі після татаро-монгольського нападу мешканці давнього княжого міста Самбір, яке тепер називається Старий Самбір.
У 1390 р. місто отримало магдебурзьке право.

У 1530-1565 рр. на місці згорілого дерев’яного костелу збудовано новий мурований трьохнефний костел з елементами готичного стилю. Подальші добудови додали до нього риси ренесансу.

У 1637 р. костел згорів, але був швидко відновлений.
У 1888-1889 р. у храмі здійснили реставрацію та оновлення вівтарів.  Наступний ремонт був у 1920 р.

За радянських часів костел не призупинив своєї роботи. Хоча  частину костельного майна у 1948 р. було вивезено до Польщі.